行政院为台湾的最高行政组织机关，对立法院负责。除广义的五院说法外，就狭义而言，1949年之后，迁徙至台湾的行政院亦称为中华民国政府。

依照“行政院组织法”第3条和第5条的规定，行政院设有8个部（内政、外交、国防、财政、教育、法务、经济、交通）、2个会（蒙藏以及侨务）、1个处（主计处）、以及1个局（新闻局）。这也是“行政院组织法”上直接明文规定行政院应当设置的直辖机关。然后，又根据该法第6条以及其他相关法令的规定，行政院还另外设有3个署（卫生、环境保护、海岸巡防）、21个委员会（详见以下清单）、以及人事行政局、中央银行和故宫博物院。

由於行政院所属部会相当庞杂，2004年6月13日，立法院通过中央行政机关组织基准法，行政院原计画依据该法於2006年1月1日起，调整为十三部、四会和五独立机关。但由於立法院未能通过配套之《行政院组织法》修正案，目前该计划已经停摆。